Gotyckie podziemia – przy okazji powojennych prac budowlanych odkryto gotyckie podziemia, świadectwo średniowiecznej architektury mieszczańskiej. Szczupłość terenu w obrębie murów obronnych zmuszała właścicieli kamienic, przeważnie kupców, do wygospodarowania w piwnicach miejsca na składowanie towarów. Dlatego robiono głębokie wykopy i tworzono wielopoziomowe podziemne magazyny. Ponieważ kościół stanął w miejscu dawnych zabudowań mieszkalnych, budynki rozebrano do przyziemia, a kłopotliwym gruzem zasypano piwnice, pozostawiając jedynie ich górną partię przeznaczoną na krypty grzebalne. W okresie rozbiorowym rząd carski wydał nakaz zamurowania piwnic, aby wykluczyć gromadzenie w nich broni dla powstańców. Przechodzenie kościoła z rąk do rąk sprawiło, że o istniejącym podziemiu zupełnie zapomniano. Dopiero rekonstrukcja budowli po zniszczeniu przez Niemców sprawiła, że zapomniane piwnice zostały odkryte na nowo. Odkopano ich górne partie i przeprowadzono konserwację, zaś części dolne ciągle kryją w sobie tajemnice czekając na kontynuację prac badawczych. W zachowanych kryptach umieszczono ocalałe epitafia lub ich fragmenty wydobyte spod gruzów kościoła, pamiątki z Powstania Warszawskiego oraz popiersia Piotra Skargi i Macieja Sarbiewskiego. W jednym z pomieszczeń zlokalizowano otwartą w 1979 roku, powstałą z inicjatywy byłych uczniów gimnazjum Jezuitów w Wilnie, kaplicę poświęconą pamięci byłych nauczycieli i uczniów tej szkoły.
