Kamień węgielny pod kościół pod wezwaniem Narodzenia NMP i Św. Ignacego (biskupa i męczennika), obecnie NMP Łaskawej, poświęcono w 1609. Budowano go w latach 1609-21. Kościół jednonawowy, z wieżą z boku, wyższą o 30 stóp od dachu, fronton kościoła o czterech kondygnacjach. Po północnej stronie nawy dobudowano między 1627 a 1713 pięć kaplic. Ołtarzy było 20, w tym 12 marmurowych, pozostałe z drzewa lipowego. Były tu między innymi bogato rzeźbione ołtarze:
- św. Stanisława Kostki,
- św. Kazimierza,
- św. Alojzego Gonzagi,
- św. Franciszka Ksawerego,
- św. Ludwika,
- św. Franciszka Borgiasza,
- św. Joachima.
Nabożeństwa w kościele zaczęto odprawiać od końca 1620 roku, kiedy kolegiata została chwilowo zamknięta z powodu zamachu na króla Zygmunta III. Konsekrowany został w 1623.Łaskami słynący drewniany krucyfiks z Lubeki, sprowadzony w 1648, otrzymał osobny ołtarz. W kościele były dwa obrazy pędzla Szymona Czechowicza, ale spaliły sie w czasie powstania warszawskiego w 1944. W podziemiach kościoła pochowani zostali m. in.:
- Maciej Kazimierz Sarbiewski,
- serce królowej Konstancji,
- serce królewicza Karola Ferdynanda,
- Józef Baka
- oraz wielu wybitnych jezuitów i benefaktorów domu.
Po kasacie zakonu zabrano część skarbca kościelnego, sam zaś kościół służył byłym jezuitom do 1781, kiedy został oddany przez biskupa Antoniego Okęckiego bractwu niemieckiemu z kościoła św. Benona. W 1815 objęli kościół paulini, ale już w 1818 przeznaczono go na skład katedralny, w 1828 na skład wełny, w końcu w 1834 przejęli go pijarzy. Przenieśli oni ze swego kościoła przy ul. Długiej ołtarze, pomnik nagrobkowy Jana Tarły i obraz NMP Łaskawej. Po kasacie pijarów w 1864 kościół pomocniczy katedry. Jezuici powrócili do niego w 1917 roku /za: Encyklopedią Wiedzy o Jezuitachach, WAM, 1996/